Tata cara untuk melaksanakan keputusan mediasi dalam sengketa informasi, dilakukan berdasarkan Peraturan Komisi Informasi Nomor 1 Tahun 2013 tentang Prosedur Penyelesaian Sengketa Informasi Publik atau bisa dilihat di Buku Saku Mediasi berikut. 

Pasal 38

1. Mediasi dipimpin oleh mediator yang ditetapkan oleh Ketua Komisi Informasi.
2. Mediator dapat dibantu oleh mediator pembantu.
3. Mediasi dilaksanakan pada hari yang sama dengan hari pertama sidang.
4. Apabila para pihak menghendaki lain, mediasi dapat dilakukan pada hari yang disepakati oleh para pihak, selambat-lambatnya 3 (tiga) hari kerja setelah proses ajudikasi dinyatakan ditunda.
5. Proses mediasi bersifat tertutup kecuali para pihak menghendaki lain.
6. Proses mediasi dapat dilakukan melalui pertemuan langsung atau menggunakan alat komunikasi dengan mempertimbangkan jarak dan/atau substansi sengketa.
7. Proses mediasi yang dilakukan dengan menggunakan alat komunikasi ditetapkan lebih lanjut di dalam Keputusan Ketua Komisi Informasi. 

Pasal 39

1. Mediasi melalui pertemuan langsung dapat diselenggarakan di:
   • salah satu ruangan di kantor Komisi Informasi;
   • salah satu ruangan di kantor Badan Publik lain yang tidak terkait dengan sengketa atau tempat yang dianggap netral yang ditentukan oleh Komisi Informasi; atau 
   • di tempat lain yang disepakati oleh para pihak.
2. Dalam hal pertemuan mediasi dilaksanakan di tempat lain yang disepakati para pihak, biaya yang timbul ditanggung oleh masingmasing pihak yang bersengketa.
3. Para pihak tidak menanggung segala biaya yang dikeluarkan mediator.

Pasal 40

1. Mediator mengupayakan mediasi selesai dalam sekali pertemuan. 
2. Apabila mediasi tidak cukup dilaksanakan dalam sekali pertemuan, mediator menetapkan agenda dan jadwal mediasi berikutnya sesuai dengan kesepakatan para pihak.

Pasal 41

1. Jangka waktu mediasi adalah 14 (empat belas) hari kerja sejak pertemuan mediasi pertama. 
2.  Apabila diperlukan, atas dasar kesepakatan para pihak mediasi dapat diperpanjang 1 (satu) kali dalam jangka waktu 7 (tujuh) hari kerja.

Pasal 42

Pasal 43

Pasal 44

1. Mediator wajib mencatat proses mediasi. 
2. Mediator dapat merekam secara elektronik seluruh proses mediasi berdasarkan kesepakatan para pihak.

Pasal 45

Pasal 46

1. Dalam hal Para Pihak bersepakat, Mediator membantu para pihak merumuskan kesepakatan mediasi. 
2. Kesepakatan mediasi sebagaimana dimaksud ayat (1) setidaktidaknya memuat: 
   • tempat dan tanggal kesepakatan;
   • nomor registrasi;
   • identitas lengkap para pihak;
   • kedudukan para pihak;
   • kesepakatan yang diperoleh;
   • nama mediator; dan
   • tanda tangan para pihak dan mediator.
3. Sebelum para pihak menandatangani kesepakatan, mediator memeriksa materi kesepakatan untuk menghindari ada kesepakatan yang bertentangan dengan hukum atau yang tidak dapat dilaksanakan. 

Pasal 47

1. Mediator menyerahkan kesepakatan mediasi kepada Majelis Komisioner yang menangani penyelesaian sengketa melalui Panitera Pengganti untuk dikuatkan menjadi Putusan. 
2. Kesepakatan mediasi sebagaimana dimaksud pada ayat (1) dituangkan dalam bentuk Putusan Mediasi oleh Majelis Komisioner. 
3. Putusan Mediasi sebagaimana dimaksud pada ayat (2) sekurangkurangnya memuat:
   • kepala putusan; 
   • tempat dan tanggal putusan; 
   • Komisi Informasi yang memutuskan;
   • identitas lengkap dan kedudukan para pihak;
   • hasil kesepakatan tertulis;
   • perintah untuk melaksanakan kesepakatan yang diperoleh;
   • tanda tangan Majelis Komisioner dan Panitera Pengganti.

Pasal 48

1. Mediator menyatakan mediasi gagal apabila:
   • salah satu pihak atau para pihak menyatakan secara tertulis bahwa proses mediasi gagal;
   • salah satu pihak atau para pihak menarik diri dari perundingan; atau
   • kesepakatan belum tercapai dalam jangka waktu sebagaimana dimaksud dalam Pasal 41;
   • Termohon tidak hadir 2 (dua) kali tanpa alasan yang jelas.
2. Dalam hal mediasi dinyatakan gagal, mediator membuat Pernyataan Mediasi Gagal yang sekurang-kurangnya memuat: 
   • tempat dan tanggal; 
   • nomor registrasi; 
   • identitas lengkap para pihak;
   • alasan mediasi gagal; 
   • nama mediator; 
   • tanda tangan para pihak.

Pasal 49

1. Mediator menyampaikan pernyataan mediasi gagal kepada Ketua Majelis Komisioner yang memeriksa sengketa informasi. 
2. Terhadap mediasi yang dinyatakan gagal, Majelis Komisioner melanjutkan kembali proses ajudikasi. 
3. Majelis Komisioner menetapkan hari sidang ajudikasi dengan pemberitahuan kepada para pihak.